Kiedy Nagatэ Tanikadze dopiero wyszedł na górne poziomy "Sidonii" i poznał innych mieszkańców statku, wszystko wydawało mu się proste i zrozumiałe: Gauna - wrogowie, i trzeba z nimi walczyć. Ale okazuje się, że z własnej osłonki, eń, Gauna są w stanie odtworzyć ludzkie ciało, i to właśnie dzieje się z zmarłą przyjaciółką Tanikadze, Shizuką Hosidziro.
A najgorsze jest to, że Gauna mogą skopiować nie tylko ciało, ale i osobowość oraz pamięć człowieka... Ale jaka jest wtedy różnica między kopią a oryginałem?
Tajemnice samej "Sidonii" również nadal się mnożą.
Legendarny naukowiec Otiai, znany z zakazanych eksperymentów z eną i skazany na śmierć na końcu Czwartej wojny przeciwko Gauna, nie tylko żyje, ale i uwolnił się z uwięzienia.